A Sorocabana foi inaugurada 1875, tendo à frente o empresário húngaro Luís Matheus Maylasky, que obteve junto ao Império o financiamento necessário para colocar a ferrovia em operação. O alto custo de manutenção e a má administração da estrada de ferro geraram enormes dívidas, que dependiam de empréstimos para ser liquidadas. A situação financeira da Sorocabana se agravou com a crise na produção algodoeira e, em 1880, o Governo do Império, seu maior credor, interveio na administração. A principal medida foi a transferência da sede da empresa de São Paulo para o Rio de Janeiro, onde ela permaneceria sob fiscalização mais severa.
Em dezembro do mesmo ano, o banqueiro Francisco de Paula Mayrink, um dos homens mais ricos e influentes do Império, assumiu o controle da Sorocabana. Mayrink pretendia levar a estrada de ferro até o litoral, pondo fim ao monopólio da São Paulo Railway Company. A construção desses trilhos era essencial para a Sorocabana, pois permitiria realizar o transporte entre o oeste paulista e o litoral sem depender da companhia inglesa. Em 1892, a Sorocabana absorveu a endividada Ituana, pondo fim às rivalidades pelo transporte no interior do país.
O projeto para a construção da linha que integraria o interior a Santos foi aprovado pelo Governo em 1895, mas, devido à falta de recursos, acabou não sendo realizado. Em 1901, foram descobertas irregularidades administrativas que incluíam desvio de recursos e roubo de material das obras. O interventor federal Francisco Casemiro Alberto da Costa propôs, então, a venda da Sorocabana. Sem oferta que cobrisse as dívidas, o Governo decidiu administrar a empresa e, para isso, nomeou o engenheiro Alfredo Maia, que já controlava a Estrada de Ferro Central do Brasil.
Em 1904 a Sorocabana foi levada a leilão e adquirida pelo Governo Federal, que, em seguida, a repassou para o Estado de São Paulo. Em 1907, ela foi arrendada para um grupo franco-americano que controlava outras empresas férreas no Paraná, Santa Catarina e Rio Grande do Sul e era dirigido pelo investidor norte-americano Percival Farquhar.
Com o início da Primeira Guerra Mundial, em 1914, os capitais que financiavam Farquhar diminuíram e suas empresas entraram em uma grave crise. A situação se deteriorou rapidamente e, ainda em 1914, sua falência foi decretada nos Estados Unidos. Nos anos seguintes, o Governo Federal e os estados do Sul se esforçaram para retomar as principais ferrovias enfrentando os diversos processos que Farquhar possuía, tanto nos Estados Unidos quanto no Brasil.